Слово происходит от греческих корней ‘endon’ (внутри) и ‘phyton’ (растение). Термин был впервые введен в научный оборот в 1809 году немецким ботаником Генрихом Фридрихом Линком для обозначения микроорганизмов (в основном грибов и бактерий), обитающих внутри тканей растений без причинения им видимого вреда. Будучи сугубо научным биологическим термином, он не имеет специфического культурного или странового контекста и используется учеными по всему миру как часть международной академической номенклатуры.